มัสยิดกรือเซตั้งอยู่ริมถนนสายปัตตานี-นราธิวาสหรือทางหลวงแผ่นดินสาย 42 บริเวณบ้านกรือเซะ ห่างจากตัวเมืองปัตตานีประมาณ 7 กิโลเมตร ลักษณะการก่อสร้างมัสยิดแห่งนี้เป็นแบบเสากลมก่ออิฐถือปูนแบบศิลปะทางตะวันออกกลาง บริเวณใกล้เคียงนั้นมีฮวงซุ้ยหรือที่ฝังศพเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยว มัสยิดแห่งนี้สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช